Hämalaun ist ein basischer Farbstoff und färbt daher saure (basophile) Gewebebestandteile, vor allem DNS, RNS.

Eosin ist ein saurer Farbstoff; im Schnitt werden basische Eiweiße gefärbt.

Einzelne Gewebebestandteile können durch spezielle Methoden selektiv dargestellt werden.

Herstellung der Dünnschnitte:
1. Fixierung:
Das Gewebe wird durch Eiweißfällungsmittel gehärtet und konserviert. Die wichtigsten Fixierungsmittel unserer Präparate sind:
Formol = wässrige 5- oder 10 %ige Lösung von Formaldehyd
Bouin = Pikrinsäure + Formol + Essigsäure.

2. Einbettung und Schneiden:
Nach der Fixierung (Dauer: Stunden bis Tage) Auswaschen des Fixierungsmittels, Entwässerung durch aufsteigende Alkoholreihe, Einbringen über ein Intermedium (z. B. Benzol) in bei ca. 60° C flüssiges Paraffin; nach Durchdringung Abkühlung des Paraffins (Gesamtdauer dieser Einzelschritte meist mehrere Tage). Die Gewebsstückchen im Paraffinblock werden auf einem Mikrotom geschnitten und auf Objektträger aufgebracht.

3. Entparaffinierung und Färbung, Eindecken:
Durch Einstellen der Objektträger in Xylol werden die Schnitte entparaffiniert, für viele Färbungen über eine absteigende Alkoholreihe in destilliertes Wasser gebracht und in wässrigen Farblösungen gefärbt. Nach der Färbung, die oft aus zahlreichen Schritten besteht (Beizung, Oxydation u. a. Vorbehandlungen; verschiedene Farbstoffe neben- oder nacheinander), werden die Schnitte entwässert und mit Kunstharz unter ein Deckglas gebracht. Für Fett- und Enzymnachweise wird das Gewebe meist eingefroren und auf dem Gefriermikrotom bzw. in einem Kryostaten geschnitten.