Die Schleimhautschicht des Verdauungsrohres ist aus drei Schichten aufgebaut: Lamina epithelialis, besteht aus Epithel, das in den einzelnen Darmabschnitten unterschiedlich aufgebaut ist, Lamina propria: Lage aus lockerem Bindegewebe mit Blut-und Lymphkapillaren, freien Zellen; Lamina muscularis: Schicht aus glatter Muskulatur.

Lieberkühn-Krypten; Glandulae intestinales; schlauchförmige Einsenkungen zwischen den Zotten, die bis zur Lamina muscularis reichen. Das Epithel wird in der Tiefe der Krypten flacher und der Mikrovillisaum der Enterozyten wird niedriger. Von der Tiefe der Krypten geht der Zellersatz aus, die neugebildeten Zellen wandern innerhalb von 36h von der Kryptentiefe zur Zottenspitze, wo sie nach 48h abgestoßen werden. Die Regeneration aller Zelltypen geht von den gleichen Stammzellen aus.

Oberste Schicht der Tunica mucosa des Darmrohrs; die des Kolon und der Appendix vermiformis besteht aus hochprismatischem Epithel, das besonders in den tiefen Krypten zahlreiche Becherzellen aufweist. Die Mikrovilli der Saumzellen sind höher als die des Mitteldarms.

Becherzellen sind unizelluläre, schleimproduzierende Drüsen, die zwischen den Säulenepithelzellen des Respirationstraktes und des Darms vorkommen. Sie machen in den Bronchien etwa 10 % der Epithelzellen aus. Sie produzieren hoch visköse Muzine, wesentliche Bestandteile der oberflächlichen Schleimschicht. Bei Rauchern ist ihre Anzahl erhöht.

Hauptsächlich in der Tiefe der Krypten von Jejunum und Ileum auftretende exokrin sezernierende Zellen, die apikal große azidophile Granula aufweisen. Diese enthalten ein Polysaccharid-Proteinkomplex, Lysozym und verschiedene Peptidasen; die Aufgabe der Zellen ist noch nicht abschließend geklärt, möglicherweise wirkt ihr Sekret antibakteriell und trägt so zur Kontrolle der Darmflora bei.