Zur Fixierung des Gewebes wird Formalin (wassrige Formaldehydlösung) verwandt. Durch die Fixierung denaturieren die Proteine und der Verfallsprozeß des Gewebes wird aufgehalten. Ferner wirkt das Formalin desinfizierend. Das fixierte Gewebe ist fest und gut schneidbar, verliert aber leider seine Farbe und wird grau/braun. Eine optimale Histologie erhalt man nur nach ausreichender Fixierung des Gewebes (vor die Morphologie hat der Herrgott die Fixation gestellt). Das Formalin sollte in einer neutral gepufferten (pH 7,4) 4%igen Lösung zur Gewebefixierung eingesetzt werden. Damit sind an dem fixierten Gewebe dann auch weiterführende Untersuchungen (DNA, RNA) möglich. Für spezielle Gewebeproben sind andere Fixantien als Formalin besser geeignet (z.B. Hodenbiopsien, Knochenmarkbiopsien). Eine eindeutige krebserregende Wirkung von Formalin konnte bislang noch nicht nachgewiesen werden, auch wenn dieses oft vermutet und ausgiebig untersucht wurde. Jedem Mediziner ist jedoch der beissende und stechende Geruch bekannt.

Als Nekrose bezeichnet man sozusagen den Unfalltod einer Zelle oder eines Zellverbands, in Unterscheidung zum geplanten Zelltod, der Apoptose. Durch eine Schadigung (infektiös, chemisch, physikalisch, Sauerstoffmangel o.a.) kommt es zum irreversiblen Ausfall der Zellfunktionen. Zytologisch erkennbar v.a. durch Kernveranderungen: Pyknose (Kernschrumpfung), Karyorrhexis, Karyolyse; histologisch in der HE-Farbung Eosinophilie (starke rote Anfarbung) des Zytoplasma. Formen: Koagulationsnekrose, verkasende Nekrose, Kolliquationsnekrose.

Ein klassisches Beispiel einer granulomatösen Entzündung ist die Tuberkulose. Wird der menschliche Organismus das erste Mal durch Mykobakterien inhalativ infiziert, siedeln sich die Erreger in besonders gut belüfteten Lungenarealen (Mittel- und Oberlappen) an. Diese Herde finden sich bevorzugt subpleural (Primaraffekt). Gleichzeitig kommt es zu einer lymphogenen Fortleitung in die regionaren Hiluslymphkoten. Diese Konstellation aus Lungen- und hilarem Lymphknotenherd wird Primarkomplex genannt. Im Rahmen der Entzündungsreaktion kann es zum Konfluieren zahlreicher Granulome kommen, woraus sich ein größerer isolierter Rundherd entwickeln kann. Einen solchen Herd bezeichnet man als Tuberkulom.

Granulom wird grundsatzlich mit Knötchen übersetzt. Besondere chronische Entzündungen bezeichnet man als granulomatös, weil bei diesen makroskopisch knötchenförmige Gewebsverdichtungen zu erkennen sind. Histologisch kann man verschiedene Granulomarten unterscheiden: G. vom Tuberkulosetyp, Pseudotuberkulosetyp, Sarkoidosetyp, Fremdkörperg., Rheumatisches G., Rheumatoides G.. Die verschiedenen Granulomtypen sind nicht eindeutig charakteristisch für eine Erkrankung. So kommen Tuberkulosegranulome auch bei Lepra, Syphilis, Tumor, PVP-Staubeinlagerungen u.a. vor! Typische Zellen eines Granuloms sind Riesenzellen, Epitheloidzellen, Lymphozyten. Wichtig ist die Unterscheidung zur granulierenden Entzündung, die durch Granulationsgewebe gekennzeichnet ist und nur vom Namen her ahnlich ist. Auch der neutrophile Granulozyt hat mit beiden nichts gemein.

Als Emphysem bezeichnet man eine irreversible Überblahung der pulmonalen Azini, also der Bronchiolen und Alveolen. Verschiedene exogene Noxen wie z.B. Zigarettenrauch, aber auch endogene Ursachen wie ein Alpha-1-Antitrypsinmangel begünstigen entzündliche Veranderungen der Lunge, in deren Rahmen es zur Zerstörung und zum Umbau der Bronchiolen und Alveolen durch eine körpereigene Protease (Elastase) kommt. Aufgrund der daraus resultierenden Elastizitatsminderung der Bronchiolen kann die Luft nicht mehr vollstandig aus den Alveolen entweichen, es kommt zur Überblahung. In der Folge entwickeln sich aus den fein septierten Alveolen große, plumpe "Blasen", die nur noch sehr eingeschrankt am Gasaustausch teilnehmen. Je nach Lokalisation unterscheidet man verschiedene Emphysemtypen: zentroazinares, panazinares (oder bullöses) und interstitielles Emphysem.