Neben konventionellen Farbungen wie HE, Giemsa, u.v.m. kann man histologische Schnitte auch immunhistochemisch farben. Die Schnitte werden mit Antikörpern (monoklonal oder polyklonal) inkubiert. Die Antikörper erkennen bestimmte Strukturen, meist Proteinepitope. Über weitere sekundare Antikörper (neuerdings auch Polymere), die den gebundenen primaren Antikörper erkennen und z.B. eine an diesen gekoppelte Biotin-Avidinbrücke mit anhangendem Enzym kann man eine Farbstoffreaktion an der Antikörperbindungsstelle im Schnitt auslösen und so das gesuchte Protein sichtbar machen. Antikörper gibt es für eine Vielzahl von Epitopen, die die Linienzugehörigkeit einer Zelle oder die Expression von Hormonrezeptoren u.v.m. erkennen lassen.