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Auf einer Seite der Tonsilla palatina findet man eine natürliche Oberfläche, die von einem mehrschichtigen, unverhornten Plattenepithel (Mundhöhlenepithel) überzogen ist. Von der Oberfläche senken sich tiefe Krypten in das Organinnere. Unter dem Epithel und zwischen den Krypten sieht man eine sehr zelldichte Ansammlung lymphatischen Gewebes, in der sich rundliche Gebilde, die Lymphfollikel, erkennen lassen. Die Krypten sind oberflächennah mit typischem mehrschichtig unverhornten Plattenepithel ausgekleidet. In der Tiefe der Krypten wird diese Schichtung jedoch immer undeutlicher und am Boden der Krypte kann das Epithel fast vollständig fehlen. Im Bereich der Krypten, aber auch an der Oberfläche wird der epitheliale Gewebsverband von Lymphozyten durchsetzt. Im Lumen der Krypte findet sich Zelldetritus, durchmischt mit Erythrozyten und Lymphozyten. Die Tonsilla palatina wird von hier rötlich gefärbten kollagenen Bindegewebssepten durchzogen. Wenn man diese Septen in die Tiefe verfolgt, gelangt man an eine relativ derbe Grenzschicht aus kollagenem Bindegewebe, die als Organkapsel das lymphatische Gewebe relativ scharf von der darunter liegenden quergestreiften Skelettmuskulatur des Pharynx (Musculus palatoglossus, palatopharyngeus) abgrenzt. Die Skelettmuskelfasern sind in verschiedenen Ebenen getroffen, sie weisen alle typischen Merkmale (Mehrkernigkeit, randständige Zellkerne, Querstreifung im Längsschnitt, Cohnheim-Felderung im Querschnitt) von Skelettmuskelfasern auf. Zwischen den Muskelfaserbündeln liegen kleinere Nester von univakuolären Fettzellen, Anschnitte peripherer Nerven und zahlreiche größere Arterien und Venen.