Lieberkühn-Krypten; Glandulae intestinales; schlauchförmige Einsenkungen zwischen den Zotten, die bis zur Lamina muscularis reichen. Das Epithel wird in der Tiefe der Krypten flacher und der Mikrovillisaum der Enterozyten wird niedriger. Von der Tiefe der Krypten geht der Zellersatz aus, die neugebildeten Zellen wandern innerhalb von 36h von der Kryptentiefe zur Zottenspitze, wo sie nach 48h abgestoßen werden. Die Regeneration aller Zelltypen geht von den gleichen Stammzellen aus.

Zwölffingerdarm; erster Abschnitt des Dünndarms, der am Pylorus des Magens beginnt und an der Flexura duodenojejunalis in das Jejunum übergeht. In der Pars descendens des Duodenum münden der Ductus choledochus und der Ductus pancreaticus auf der Papilla duodeni major. Im Duodenum beginnt die Oberflächenvergrößerung der Dünndarmschleimhaut durch Plicae circulares (Kerckring-Falten), Zotten und Mikrovilli. Zwischen den Zotten tauchen schlauchförmige Kanälchen, Glandulae intestinales (Lieberkühn-Krypten), auf, von denen die Zellerneuerung ausgeht. Differentialdiagnostisch wichtigstes Merkmal sind die Glandulae duodenales (Brunner-Drüsen) der Tela submucosa.

Dritter und längster Abschnitt des Dünndarms, der ohne erkennbare Grenze aus dem Jejunum hervorgeht und in der Fossa iliaca dextra in das Kolon mündet. Die Plicae circulares dieses Darmabschnittes sind sehr niedrig und weit voneinander entfernt, im unteren Ileum fehlen sie oft ganz. Auch die Zotten nehmen an Höhe und Dichte ab, wohingegen die Krypten tiefer werden und die Anzahl der Becherzellen deutlich zunimmt. Lamina propria mucosae und Tela submucosa des Ileums enthalten Folliculi lymphoidei aggregati (Peyer-Plaques), die ein differentialdiagnostisches Merkmal für das Ileum darstellen.

Eine aus lockerem Bindegewebe aufgebaute Verschiebeschicht zwischen Tunica mucosa und Tunica muscularis. Sie enthält kleine Arterien, Venen, Lymphgefäßnetze sowie den Plexus submucosus.